Guy Verhofstadt memenangkan pemilihan Belgia tahun 1999 menjadi Perdana Menteri liberal pertama mereka dalam lebih dari 60 tahun, membentuk pemerintah Belgia pertama tanpa Kristen-Demokrat dalam 40 tahun.
Dia memimpin dua Pemerintah dengan partai-partai sosialis Belgia, sebagian termasuk partai-partai Hijau, dan pemerintah ketiga sementara pada bulan-bulan awal 2008, mengikuti krisis formasi terpanjang dalam sejarah politik Belgia.
Pada 2007, partainya kalah dalam pemilihan federal. Namun, partainya bergabung dengan pemerintahan baru Perdana Menteri Leterme, tetapi Guy bertanggung jawab atas kekalahan itu, dan mengambil tahun cuti panjang dan meninggalkan kancah politik Belgia setelah 25 tahun beraktivitas.
Mengkonfirmasi kepercayaan Eropa-nya, ia menulis "Amerika Serikat Eropa" pada 2005, yang diterjemahkan ke dalam selusin bahasa Eropa dan memenangkan Buku Eropa Tahun 2007.
